У меня забрали телефон с доказательствами преступления, имею ли я право забрать его у следователя и оставить флеш карту, на которой сохранены эти же файлы?

В суде может возникнуть вопрос об оценке этого доказательства - признать ли  доказательством или нет, тогда будет устанавливаться, кем сделана с"емка, должно быть подтверждено, что Вами, так как имеются отпечатки пальцев (или иные данные), телефон будет представлен суду, а данные флэшки могут быть оставлены на ней кем угодно, и такие данные могут не быть рассмотрены как доказательство. Однако считаю, что Вам необходима консультация адвоката, который защищает потерпевшую, это его задача зафиксировать законно и использовать в суде доказательства. Не спешите забирать телефон. Важно, чтобы его из"ятие было надлежащим образом оформлено.

 Поскольку с помощью телефона производилась запись - он непосредственно является вещественным доказательством.