Куда обратиться, чтобы выяснить, как производятся начисления алиментов, и почему они не соответствуют дате подаче заявления в суд?

Если вы подали заявление на алименты в суд и получили на руки решение суда, значит вам нужно обращаться к судебным приставам.

 нет судебные приставы передовали документы сами на работу

Значит у себя в бухгалтерии вы имеете право посмотреть решение суда и получить объяснение, как оно исполняется.